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杜仲全基因组测序重要研究成果 收藏
李景源 张守攻 胡恒洋 孙伟平 顾问 乌云塔娜 杜红岩 李芳东 胡文臻 高瑞文 汪德鹏 等著 2014年11月 出版
关键词: 功能基因 杜仲橡胶 基因组测序 基因组 全基因组 杜仲 序列 测试
简 介:杜仲橡胶资源是我国十分重要的国家战略储备资源。本研究首次在木本植物全基因组测序中结合第二代和第三代测序技术,攻克了杜仲基因组高杂合度、高重复所带来的组装困难问题;获得了大量杜仲橡胶合成途径中的功能基因家族;挖掘了大量杜仲药用万分相关的功能基因家族;揭示了杜仲适应性强的分子机制;揭示了杜仲的系统发育地位。研究成果将对颠覆性突破高产杜仲橡胶和现代中药育种技术、科学指导新型杜仲橡胶资源培育都具有十分重要的里程碑意义。
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杜仲全基因组测序重要研究成果 收藏
作者: 李景源 张守攻 胡恒洋 孙伟平 顾问 乌云塔娜 杜红岩 李芳东 胡文臻 高瑞文 汪德鹏 等著 出版时间:2014年11月
关键词: 功能基因 杜仲橡胶 基因组测序 基因组 全基因组 杜仲 序列 测试
简 介:杜仲橡胶资源是我国十分重要的国家战略储备资源。本研究首次在木本植物全基因组测序中结合第二代和第三代测序技术,攻克了杜仲基因组高杂合度、高重复所带来的组装困难问题;获得了大量杜仲橡胶合成途径中的功能基因家族;挖掘了大量杜仲药用万分相关的功能基因家族;揭示了杜仲适应性强的分子机制;揭示了杜仲的系统发育地位。研究成果将对颠覆性突破高产杜仲橡胶和现代中药育种技术、科学指导新型杜仲橡胶资源培育都具有十分重要的里程碑意义。
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杜仲基因组测序组装技术与方法创新 收藏
作者: 李景源 张守攻 胡恒洋 孙伟平 顾问 乌云塔娜 杜红岩 李芳东 胡文臻 高瑞文 汪德鹏 等著 出版时间:2014年11月
关键词:
出处: 杜仲全基因组测序重要研究成果
简 介:基因组de novo测序也叫基因组从头测序,是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序。可以从基因组水平上对物种的生长发育、进化、起源等重大问题进行研究,在新基因的发现、物种改良等方面发挥了巨大作用。基因组信息是一切生命科学研究的基础,是物种最宝贵的资源。 Illumina第二代高通量测序平台的每个run能产生海量的数据,可为动植物基因组组装提供高覆盖度的数据;PacBio第三代测序平台能产生非常长的读长,能跨越基因组中高重复、高杂合等复杂区域。中国林业科学研究院经济林研究开发中心和武汉未来组生物科技有限公司采用第二代测序技术和第三代测序技术结合的方法(见图20),对未知物种的个体进行基因组测序,得到非常好的基因组组装结果,并通过在个体或群体水平上的差异性分析,发掘重要的功能基因,为培育优良新品种、加速分子育种进程及相关物种的各种研究提供了可靠的基础。
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杜仲基因组测序主要研究成果 收藏
作者: 李景源 张守攻 胡恒洋 孙伟平 顾问 乌云塔娜 杜红岩 李芳东 胡文臻 高瑞文 汪德鹏 等著 出版时间:2014年11月
关键词:
出处: 杜仲全基因组测序重要研究成果
简 介:根据重复序列比例和杂合度不同,复杂基因组细分为高杂合基因组(杂合率>0.8%,重复序列<50%)、微杂合基因组(杂合率为0.5%~0.8%,重复序列<50%)以及高重复基因组(杂合率<0.5%,重复序列>50%)等。而杜仲基因组在基因组大小、杂合度和重复序列比例上都远远超过了复杂基因组的定义范围,基因组大小约1.02G,杂合率高于1%(见表1),重复序列在66%以上,属于高杂合、高重复的复杂基因组。因此,杜仲基因组的组装技术遇到了前所未有的困难。 表1 基于17-mer数据分析的杜仲基因组 Table 1 Estimation of Eucommia genome size based on 17-mer statistics 通常,第二代测序组装对于解决复杂基因组组装存在一定的瓶颈,一般会导致Scaffold N50小于300Kb,达不到组装要求。因此,在杜仲基因组测序策略上,我们采用了全基因组鸟枪法(Whole genome shotgun,WGS),构建了不同长度的DNA插入片段文库,采用第二代测序技术(Illumina HiSeq 2000 and MiSeq)和第三代测序技术(PacBio)有机结合,完成了杜仲复杂基因组测序工作,获得了99.85G数据(见表2)。
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杜仲基因组测序的重要意义 收藏
作者: 李景源 张守攻 胡恒洋 孙伟平 顾问 乌云塔娜 杜红岩 李芳东 胡文臻 高瑞文 汪德鹏 等著 出版时间:2014年11月
关键词:
出处: 杜仲全基因组测序重要研究成果
简 介:杜仲(Eucommia ulmoides Oliv.)属于真菊一类(Euasterids I)绞木目(Garryales)杜仲科(Eucommiaceae)杜仲属(Eucommia)植物,杜仲科单属单种(2n=34)。在晚第三纪以前,杜仲曾广泛分布于欧亚大陆,美洲的阿拉斯加也有杜仲分布。中新世时,在欧洲和亚洲西部,杜仲种类多、分布广,一直存活到上新世。日本北海道的杜仲在上新世时生长也很旺盛。在意大利,直到更新世还有杜仲生长。第四纪冰期来临后,杜仲便在欧洲和其他地区相继消失,只在亚洲的中国中部存活至今。我国现存杜仲为地质史上残留下来的孑遗植物,1996年国家已把杜仲当作珍稀树种列为国家二级重点保护野生植物。目前,我国是杜仲资源最丰富和栽培面积最大的国家,栽培面积约36万公顷,占世界杜仲资源的99%以上。
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